.Puerto Morelos es conocido en el ámbito mundial como uno de los mejores destinos de buceo en el Caribe. Al sur de Cancún se inicia la segunda barrera de arrecifes de coral más grande en el mundo y la más grande en el hemisferio Norte. Dichos arrecifes poseen una diversidad impresionante de flora y fauna marinas. El Caribe mexicano tiene es sus profundidades un tesoro maravilloso que se le ofrece a temperaturas del agua de entre 21º C y 29º C, visibilidad de entre 16 a 32 mts y profundidades entre 6 a 22 mts.

La barrera arrecifal pasa frente a las costas de Puerto a una distancia que varía que varía de 350 a 1600 metros. La región conocida como Arrecife de Puerto Morelos forma parte de la barrera arrecifal denominada “Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental”, considerada como la segunda barrera arrecifal más grande del mundo; así mismo, esta sección de la barrera, ubicada frente a Puerto Morelos, se extiende al norte hasta la colindancia con el Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc.El arrecife sustenta ricas comunidades biológicas que se encuentran bien conservadas y tienen valor ecológico, económico, recreativo, comercial, histórico, educativo, estético y para investigación, lo que le confiere al área una importancia singular en el contexto nacional. Adicionalmente la economía del poblado de Puerto Morelos y su área de influencia, depende de su conservación, ya que un alto porcentaje de la población se dedica a la pesca, al turismo y a la investigación sobre el ambiente marino, las cuales están estrechamente influenciadas por la salud del ecosistema.

Además de la barrera arrecifal y en distancias no mayores a dos millas náuticas, existen diversos puntos para bucear dentro del Parque Marino: “Cuevones”, “La Bocana”, “El Túnel”, “Los Jardines”, “La Pared”, “El Puente”, también se cuenta con un arrecife artificial, el barco cañonero C-56 Juan eEscutia donado y hundido por la Armada de México el 28 de octubre de 2000. El barco a una profundidad de 30 metros y expuesto a las corrientes marinas ha cumplido su propósito ya que tan sólo a cuatro años de su hundimiento se encontraba cubierto casi por completo de corales, esponjas, gorgonias, y una gama indescriptible de criaturas de todas formas y colores imposibles de enumerar una por una. En el poblado y en diversos hoteles del área costera existen tiendas de buceo.

La cooperativa turística náutica local, integra a pescadores y turisteros que sirven a los visitantes en embarcaciones con fondo transparente para disfrutar de la belleza submarina. Ese muelle ha sido histórico como uno de los primeros puertos mexicanos al impulsar actividades económicas de otros lugares. El Faro construido en 1943, fue inclinado en 1967, por un huracán, y quedó así como distintivo de la playa.