En la región en donde se asienta el poblado de Puerto Morelos, existió un extenso sitio de asentamientos humanos, adoratorios y descanso de los Navegantes Mayas, durante sus viajes de intercambio comercial hacia Centroamérica. Su costa, los humedales y las zonas selváticas, tienen evidencias arqueológicas de esto.

El poblado de Puerto Morelos, conocido también como “Punta Corcho”, inicio en 1898 con la llegada a la zona de la empresa  “Compañía Colonizadora de la Costa Oriental de Yucatán”, que explotaba productos agrícolas y forestales extraídos de la selva como el palo de tinte, chicle, vainilla, tabaco y cedro.

Con la apertura de Cancún en los años 70 y la promoción del Turismo, Puerto Morelos inició una fase de crecimiento poblacional y económica caracterizada por la inmigración de gente de diversas partes del país y del extranjero. Se colonizaron las áreas selváticas del fondo legal de Puerto Morelos, localizadas a dos kilómetros de la costa en ambos lados de la carretera federal.La administración política de Puerto Morelos estuvo a cargo del Municipio de Isla Mujeres y posteriormente fue transferida a Cozumel, desde donde se decidió, durante varias décadas, el destino político y económico del puerto. Actualmente Puerto Morelos forma parte del Municipio de Benito Juárez y la administración política se sostiene a través de una Delegación Municipal, con cabecera en la ciudad de Cancún.

Hoy, Puerto Morelos tiene cerca de 5,mil habitantes cuya población depende económicamente del arrecife, como prestadores de servicios turísticos náuticos como Windsurfing, Buceo, Snorkel y Pesca, los pescadores y otros de forma indirecta como Empleados de Hoteles, Restaurants, Tiendas, Taxistas, Comerciantes y sus Familias.

En el Parque Nacional de Arrecife de Puerto Morelos en la Riviera Maya, existen zonas de uso o zonas de Manejo. El Programa de Manejo especifica las actividades que se pueden realizar en cada una de estas zonas, las cuales en algunos casos requieren, para su realización, autorización o permiso por parte de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) o de alguna otra instancia competente.

Por sus características costeras, Puerto Morelos a sido un antiguo puerto de enlace marítimo con la isla de Cozumel y con otros destinos del Mundo, hacia donde se embarcan productos alimenticios, materiales de construcción, combustibles y otras mercancías.
El poblado está dividido en dos partes por la existencia de una zona de manglar en excelente estado de conservación, la parte al oeste colinda con las selvas del ejido de Puerto Morelos y  la que está al este, ubicada sobre una antigua isla de barrera, colinda con el Parque Nacional.

Puerto Morelos fue un pueblo “chiclero” (por la resina que se extraía de los árboles para goma de mascar), en los años sesenta, que permanece casi intacto con todos sus útiles originales de esa industria que impulsaron empresas como Adams, y Grajales y Diego.